某医学博士在派对上被一名透明人杀死，探员特纳（彼得·费辛利 Peter Facinelli 饰）与丽萨在勘察现场时却被告知此案由国防部接手，而他二人的任务是保护女生物学家道尔顿（劳拉•里根 Laura Regan 饰）。另一方面，透明人在杀死医学博士前，得知令自己身体好转的缓冲药剂只有道尔顿才能提供。特纳与丽萨在保护道尔顿的当夜遭透明人袭击，利萨殉职，特纳在突然出现的军方包围中才明白道尔顿和自己都不过只是军方用来诱捕透明人的饵。愤怒的特纳带着道尔顿从军方的控制下逃跑，并要求后者说出透明人与军方千丝万缕联系
在美国驻古巴关达那摩湾的海军基地，两名海军陆战队员道森和多尼被指控杀害了另一名士兵圣地亚哥。海军律师丹尼尔·卡菲（汤姆·克鲁斯 Tom Cruise 饰）和助手山姆被派接手此桩案件，他们调查到圣地亚哥曾希望调离基地，还举报过道森。卡菲本想进行庭外协调，争取两年刑期。然而 两名士兵坚持自己无罪，他们对圣地亚哥的行为是执行上级给他们下达的“红色条规”。所谓红色条规，就是一种军官默许的由士兵私下进行的训诫条规。卡菲、山姆以及另一名女律师盖洛维（黛米·摩尔 Demi Moore 饰）组成辩方律师进行调查，而基地指
